Little Busters! EX游戏开始前会有关于世界秘密的选项，询问“是否知道世界的秘密”，这是为玩过Little Busters! 无印版的人设计的。如果选“是”，则可以直接攻略EX版新加入的三名女主角（二木佳奈多、笹濑川佐佐美、朱鹭户沙耶）；如果选“否”，则必须等到原无印版的所有角色路线攻略完毕才可以进行新角色的攻略。之前没有玩过Little Busters! 的人如果选择“是”，则可能会被剧透。
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